После последней полномасштабной войны мир изменился, и Япония не была исключением. Из-за массовых ранений солдат и увечий, война ускорила развитие роботизирования мозга и протезирования органов, и такой прогресс к 2029 году породил множество новых киберпреступлений.
Кибернизация и протезирование тел стали целой индустрией, благодаря которой к экономике подключились военные, а всякого рода террористы пытались использовать систему для собственного обогащения. Чтобы ловить киберпреступников, нужны были новые полномочия полицейским, включая и получение различной конфиденциальной информации, но с этим могли не согласиться граждане, желавшие получить полную свободу от властей. Чтобы избежать протестов, подполковник полиции Куруцу создала антитеррористическое подразделение с расширенными полномочиями.
Майор Мотоко Кусанаги непосредственно командовала подразделением. Еще в 6-летнем возрасте она должна была умереть, но, благодаря современным технологиям и протезированию ее спасли. Теперь Кусанаги боролась с киберпреступностью и после гибели премьер-министра Японии, а также появления нового вируса, способного уничтожить систему, решение этой проблемы доверили специальному отряду Мотоко.